接下来的几天里，田承嗣焦宛儿、安小慧、杨宛一起商量，对锦衣卫重新进行整编，锦衣卫在江南地区、山东曹州地区、登莱地区有总兵力十五万，这次整编的只是江南地区的锦衣卫，江南地区锦衣卫共有八万多人，除三万水军（其中陆战队一万人）外，陆军五万五千多人，另有一万后勤官兵为崇明岛守备部队，他们保护岛上的兵工厂、码头的重要设施物资，有作为工人在兵工厂、码头等地做事。
江南地区锦衣卫具体整编方案如下：牛成熊、蒋尚武、蔡大山、田小军为一等营，每营官兵五千人，花铁干、狄云、温正、管得宽、吴飞、净明、楚昭南、温小四、乔拼、游正普、田小四、娄正刚、张玉为二等营，每营为三千人，一等营暂编三千人，另两千补入新兵，二等营暂编两千人，另一千人补入新兵，其余的一万多官兵编入中军、后军的伤兵营、辎重营、新兵营、妓营和收容营（包括焦宛儿、安小慧、方慧英、温茜所部和田承嗣的亲兵队），要补齐各营兵员缺额，锦衣卫还得大规模招兵，不过这个整编要到北京城失陷消息传来，田承嗣才会正式开始实施。
水军方面因为水笙要生育了，由云秀莲去做她的助手，覃衍火负责河里的船队，陆战队由田承嗣的亲兵队长宋胜雄出任，王虎臣负责海里的船队，田承嗣原来的亲兵副队长顾长功，出任海军陆战队队长。
至于山东曹州地区红娘子部、登莱地区马贵、涂德海由他们自己整编，刘孔和部田承嗣给予支持暂不整编，以免刘孔和产生误会，对归德府的陈永福、许定国、卜从善、白祁政各部，田承嗣采取的是顺其自然。
就是这几天温正绑架了抚宁侯朱国弼，然后把朱国弼剁成碎肉，让军中的烈马和着草料吃了，骨头也被敲碎抛入大江，这两天抚宁侯府的人四处寻找主子，这些人都急得要疯了，可朱国弼已经进了马肚子，怎么能找得到呢，虽然金陵城里很多人怀疑朱国弼失踪跟田承嗣有关，经历过田府门前大屠杀的金陵人，也只能在私下议论一番，没有人站出来指责是田承嗣所为。
再就是李敷萝已经到了曹州，因为担忧父亲家人终于病倒了；田家一行人也扶灵到了扬州城，据手下报告父亲还跟师傅见了面，而师傅史可法率领七八千人马滞留扬州，到现在也没有北上勤王，田承嗣对师傅史可法能力更加不看好。
刘宗敏睡了陈圆圆的事情被李自成知道了，毕竟陈圆圆的男人吴三桂已经答应归顺大顺军，李自成严厉的责备刘宗敏乱来，要刘宗敏把陈圆圆和吴三桂的父亲送回吴府，刘宗敏自然是不愿意，可架不住牛金星、宋献策、李岩等人劝说，刘宗敏不想犯众怒，于是耍了个滑头，把陈圆圆送到皇宫里去。
李自成见到陈圆圆后，被陈圆圆的美色迷住，把放陈圆圆回吴府的事情忘到九霄云外去了，当即就牵着陈圆圆登上龙床，两人在宽大的龙床上翻云覆雨，不太好色的李自成连来了三次，依然对陈圆圆兴趣高涨，于是就把陈圆圆留在皇宫里，再也不提送陈圆圆回吴府这件事了。
正是崇祯皇帝和大臣们相互推诿承担失地的责任，受封“平西伯”的吴三桂接到勤王的圣旨，从驻守的宁远到山海关，带着几十万百姓走了八天，十月十八日当吴三桂抵达山海关时，北京城已经是隆隆炮声了，吴三桂先头部队到达丰润时，北京城已经落入大顺军手里，崇祯皇帝也于前日自缢于煤山，吴三桂于是感到再去勤王已没有实际意义，马上率领队伍返回山海关。
在三月底，归顺李自成的唐通携带四万两白银前往山海关，并带来了吴三桂父亲吴襄写的招降信，面对李自成的招降，吴三桂故意问手下将领：“然非藉将士力不能以破敌，今将若之何？”
在场的所有人都不敢表态，吴三桂不得不再逼问道：“今闯王使至，其斩之乎，抑迎之乎？”
当诸将在他带着暗示和压力的迫问下终于回答：“今*生惟将军命”时，吴三桂终于说道：“报使于李自成，卷甲入朝”。
在将山海关交付李自成手下将领唐通后，吴三桂率领队伍前往北京途中，得知父亲吴襄被捕，起初是并不在意:说道：“此胁我降尔，何患！”
当得知爱妾陈圆圆被刘宗敏掠走后，终于咬牙切齿的道：“大丈夫不能保一女子，何面见人耶！”当下立刻反军攻克山海关，并复信吴襄，声称“父既不能为忠臣，儿亦安能为孝子乎？”
吴三桂自知自己的几万人马，不是大顺军的对手，于是向满清摄政王多尔衮请求援兵，信中写道“乞念亡国孤臣忠义之言，速选精兵，直入中胁、西胁，三桂自率所部，合兵以抵都门，灭流寇于宫廷，示大义于中国，则我朝之报北朝者，岂惟财帛？将裂土以酬，不敢食言。”
得到吴三桂的书信，多尔衮认为是打败大顺军，完成了太祖努尔哈赤的夙志，占领中原的大好时机，四月初八日，顺治亲自召见多尔衮，命多尔衮率军伐明，特授给奉命大将军印，掌管军中一切赏罚大事，并要诸王、贝勒、贝子、公、大臣等听从指挥，同心协力以图进取，初九日，多尔衮统率多罗豫郡王多铎、多罗武英郡王阿济格、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、续顺公沈志祥等，以及八旗固山额真、梅勒章京等满洲、蒙古兵及汉军兵总计约十四万人，鸣炮起行讨伐明朝。
四月上旬，李自成听闻山海关吴三桂“造反”，他想让刘宗敏、李锦率军出征，但二将耽于京城内的淫乐享受摇头不应，李自成只得拖了几天，不得不决定“亲征”，这才让大顺军将士勉强答应出征，李自成下令在平则门处决了以大学士陈演为首的明朝大臣一百多人，并派兵把北京城内拷掠而来的银两整车整车运往“西京”。
四月十三日，李自成率领二十万大顺军发兵山海关，这二十万人马中，只有七、八万人算得上精兵，同行的还有吴三桂父亲吴襄以及崇祯皇帝两个儿子，这是李自成涌来对付吴三桂的杀手锏。
四月二十一日，李自成到达山海关前，整整走了六天，这样缓慢的行军速度贻误了战机；李自成即派部将唐通带数百人前去招降吴三桂，行至距山海关二三十里处的一片石时，突然遭到吴三桂和当地豪绅地主武装的袭击，大顺军牺牲了百余名战士，李自成的招降吴三桂的计划彻底失败了。
李自成得到败军的报告大怒，率领大顺军到达山海关，随即对东罗、西罗、北翼等城发起猛攻，吴三桂督兵顽抗。大战自辰至午约六个时辰，守御东罗、北翼二城的吴军均濒临危殆难于支撑，当天晚上多尔衮率清军到达山海关，次日凌晨，吴三桂以炮轰击大顺军的包围圈，从隙道突围直驰清营，拜见多尔衮，剃发称臣。
狡猾而机敏的多尔衮不愿意与大顺军硬拼，于是命吴三桂打头阵，自己则蓄锐不发按兵不动，吴三桂倾精锐而出，大顺军英勇搏战，到了午后，大顺军将吴军紧紧包围起来，吴军东驰西突，苦战良久，已经不能支撑，正当双方精疲力竭时，作壁上观的清军从阵右冲出，由于清军猝然从阵中冲出，大顺军措手不及，忽然间狂风大作，大顺军将士睁不开眼，终于败下阵来。
李自成率骑兵数千急忙退至永平，各首领和散失的大顺军也乘夜回到了永平，二十四日，清军和吴三桂军追至永平，李自成的大顺军日夜战斗疲乏已极，根本无法再战，于是阻击了一阵之后，李自成就放弃了永平，于二十七日率军逃到了北京城。